尖锐湿疣病原体为人乳头瘤病毒(HPV)，HPV属病毒环双链DNA病毒，目前共发现100多个型别，其中有30多个型别与生殖道感染有关。根据引起生殖道恶性肿瘤的可能性，分为高危型、中危型及低危型。生殖道尖锐湿疣主要与低危型HPV6、HPV11感染相关。HPV主要感染上皮细胞，其复制需要分化好的鳞状上皮，温暖、潮湿的外阴皮肤黏膜分界处利于它的生长繁育，尤其是易接种于性生活最易受损的部位。如女性的会阴、阴道口后壁。
早年性交、多个性伴侣、免疫力低下、吸烟及高性激素水平，是本病发病的高危因素。孕妇免疫功能受抑制，性激素水平高，阴道分泌物增多，外阴湿热，故易患尖锐湿疣。尖锐湿疣主要经性交直接传播，患者性伴侣中约60%发生HPV感染，偶可通过衣物、器械间接传播。HPV感染的孕妇所生新生儿在通过母亲产道时可以受HPV感染。
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