慢性鼻窦炎和急性鼻窦炎在病程的长短、发病的原因、发病的机制等都有很多的区别。急性鼻窦炎通常是指病程在12周以内，而慢性鼻窦炎病程要超过12周。急性鼻窦炎是鼻窦的一种化脓性炎症，属于一种感染性疾病，还可以继发于急性的鼻炎，而慢性鼻窦炎是一种高度异质性的疾病，它可以有感染性的诱因，也可以有其他过敏性的诱因以及其他慢性炎症的诱因。慢性鼻窦炎比急性鼻窦炎累积的范围要更广，经常是多个鼻窦同时受累。急性鼻窦炎主要的原因是来自于感染，包括鼻窦本身的感染，鼻腔来源的感染，因为在解剖上鼻窦的窦口比较小，一旦发生了阻塞、狭窄，就会导致窦腔的通气引流受到影响，会造成窦腔分泌物的聚集，然后形成化脓性感染。慢性鼻窦炎的病因要复杂得多，感染只是其中之一。除了感染因素以外，鼻窦内的阻塞因素，比如说鼻息肉，比如说鼻甲肥大，甚至鼻腔鼻窦的肿瘤，都会引起慢性的鼻窦炎。在慢性鼻窦炎的发病过程中，变态反应也就是过敏，也占据了一个重要的角色。近年来随着对变态反应的不断研究，发现变异性因素也就是过敏性因素和慢性鼻窦炎，两者之间的关系非常密切。有研究发现，变异性因素导致的慢性鼻窦炎可能占到慢性鼻窦炎整体的60%~80%，而急性鼻窦炎主要是化脓性炎症，也就是感染性炎症，而不是过敏性炎症。
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